Il termine marker viene utilizzato in biologia per indicare, soprattutto, una molecola che identifica la presenza di un determinato tessuto di certe sostane appunto chiamate markers.

Il marker può essere di ogni natura, ma sostanzialmente è proteico, o comunque polipeptidico, poiché sono le proteine ad essere tradotte dal DNA. Per questo motivo un marker è tale: è una molecola che viene prodotta principalmente da quel tipo di cellula.

Un marker, per essere ideale, dovrebbe essere prodotto esclusivamente dal tessuto in causa, in quantità facilmente dosabili.
Se il marker viene usato come un indice di malattia, dovrebbe essere prodotto solo in presenza di tale malattia. Pochi marker soddisfano tuttavia queste esigenze. Il problema maggiore è dato dai marker delle cellule tumorali: in quanto cellule comunque non del tutto estranee all'organismo, le cellule neoplastiche non traducono per molecole tali da rendere il loro dosaggio accurata metodica.Per tal motivo è utile comparare più dati e vederne le modificazioni nel tempo.

Infatti: I marcatori vengono misurati con metodi immunometrici, cioè la quantità di marcatore presente nel liquido biologico (ad esempio nel sangue) viene misurata con un anticorpo specifico legato ad un sistema di rilevazione (enzimatico, a fluorescenza, ecc). Il legame anticorpo-marcatore determina una reazione la cui intensità è direttamente proporzionale alla quantità del marcatore presente.
L’intensità di reazione viene misurata e confrontata con una curva di calibrazione in cui le concentrazioni del marcatore sono note. Talvolta può succedere che il marcatore presente nel liquido biologico non sia esattamente uguale a quello usato per costruire la curva di calibrazione poiché i marcatori sono molecole complesse, spesso costituiti da famiglie di molecole simili e, quindi, è complesso, se non impossibile, disporre di un marcatore di riferimento (calibratore) esattamente uguale alle sostanze che vogliamo misurare.
La conseguenza di tale, per quanto limitata, approssimazione del sistema di misura è che prodotti commerciali diversi utilizzati per misurare uno stesso marcatore possono produrre risultati in parte diversi.